De in 1939 uitbrekende Tweede Wereldoorlog zorgde ervoor dat de wielersport opnieuw een moeilijke periode doormaakte. Toch herstelde zij zich opnieuw snel. In 1946 werd er alweer een bijna volledig programma verreden; alleen de Tour ging niet van start. In België werden de Omloop Het Volk en Gent – Wevelgem voor het eerst verreden. Toch was er een groot verschil met de herstelfase van na de Eerste Wereldoorlog. Na de Eerste Wereldoorlog werd het wielrennen voorlopig nog bepaald door de renners die ook voor de oorlog al toppers waren geweest. Na de Tweede Wereldoorlog werden de meeste klassiekers gewonnen door coureurs die voor de oorlog nog volslagen onbekend waren geweest. Zo werd Milaan – San Remo gewonnen door Fausto Coppi, die na een lange solo met ruime voorsprong de meet in San Remo passeerde. Een aantal weken later werd de Ronde van Vlaanderen gewonnen de jonge Rik van Steenbergen.

De voornaamste reden voor het feit dat er nu wel een compleet nieuwe generatie de macht overnam was dat tijdens de oorlog vele wedstrijden gewoon verreden werden. In neutrale landen, het "vrije" deel van Frankrijk en Italië werden vele wedstrijden uitgeschreven, maar ook in de bezette gebieden was er vaak een drukke kalender. Grote rondes, internationale wedstrijden en monsterritten konden niet doorgaan, maar bijna alle andere klassiekers beleefden wel één of meerdere edities en de Ronde van Vlaanderen zelfs gewoon elk jaar verreden. De deelnemers kwamen natuurlijk voornamelijk uit eigen land, maar in Frankrijk deden ook nog regelmatig Belgen of Zwitsers mee.

Voor L'Auto was het uitbreken van de oorlog een groot probleem, want wedstrijden konden er niet uitgeschreven worden. Haar naam werd zelfs tijdelijk gewijzigd in L'Auto-Soldat, van eind 1939 tot half 1940, een periode waarin er ook oorlogsnieuws gepubliceerd werd. Desgrange overleed in 1940, maar ook zijn opvolgers probeerden de dalende verkoopcijfers om te buigen. Voor 1943 werd er een Tour de France aangekondigd, maar vergunningen werden niet verleend. Echter, na de oorlog werd L'Auto verboden, omdat zij tijdens de oorlog gewoon verschenen was. Dit hield in dat de Tour de France van zijn organisatie beroofd was. In 1945 mochten er, vanwege de papierschaarste, nog geen andere sportdagbladen worden uitgegeven. Daardoor begon pas in 1946 de strijd om de erfenis van L'Auto.

Aanvankelijk waren er drie kandidaten: Elans, Sports en L'Equipe. Al deze bladen kondigden voor 1946 een mini-Tour aan van 5 etappes, het maximum dat door de overheid was toegestaan. 2 Ervan werden ook echt verreden. Sports kwam met de Ronde de France, tussen Bordeaux en Grenoble. L'Equipe, dat met Elans gefuseerd was, kwam met de Petit Tour de France, van Monaco naar Parijs. De overwinning hiervan ging naar "het Griekse kind", Apo Lazarides. Aanvankelijk leek deze echter al zijn kansen op de overwinning te verspelen toen hij zich tijdens een eenzame vlucht op de Izoard terug in het peloton liet zaken, omdat hij plotseling bang was geworden voor beren.

Na veel gelobby slaagde L'Equipe erin de organisatie van de Tour de France in handen te krijgen. De directeur van L'Equipe, Jacques Goddet, werd de nieuwe koersdirecteur. De organisatie geschiedde samen met het niet-gespecialiseerde dagblad Le Parisien Libéré, waarvan Félix Lévitan sportredacteur was. Hoewel er nog vele artikelen op de bon waren en er grote schaarste heerste besloten Goddet en Lévitan in 1947 opnieuw een Tour de France te organiseren. De aankondiging bracht een enorm enthousiasme bij het publiek teweeg.